Koijärven pinta-ala oli alunperin noin 250 hehtaaria. Järvi oli vajaa kolme kilometriä pitkä ja sillä oli leveyttä keskimäärin viisisataa metriä.
Koijärven pintaa laskettiin vuoden 1910 tienoilla noin metri, ja suurin osa järven pinta-alasta muuttui kosteikoksi.
Alueesta tuli merkittävä lintujen asuinalue. 1970-luvun lopulla alue arvioitiin Suomen kolmanneksi tärkeimmäksi lintuvedeksi. Myöhemmin Koijärvestä on tullut osa EU:n Natura-luonnonsuojeluohjelmaa.
Järven paljolti tyhjettyä 1900-luvun alun pinnanlaskun jälkeen viljelysmaa alueella lisääntyi. Koijärven vedellä oli tapana nousta keväisin kosteikkoa ympäröiville pelloille, minkä takia maanomistajat halusivat avata järven tukkeutuneen laskuojan.
Luonnonsuojelijat arvioivat kaivuun olevan lopullinen kuolinisku arvokkaalle lintujärvelle.