Naisten ympärileikkaukset kiellettiin maassa alun perin jo vuonna 1997, mutta lääkäreille annettiin lupa operaatioon "poikkeuksellisissa tapauksissa", eli mikäli ulkoisten sukupuolielinten poistosta nähtiin olevan terveydellistä hyötyä. Egyptin hallitus poisti nyt laista tämän porsaanreiän.
Ympärileikkauksessa yleensä esiteini-ikäisiltä tytöiltä poistetaan osa tai koko klitoris sekä mahdollisesti muita ulkoisia sukupuolielimiä.
Unicefin vuonna 2005 tekemän selvityksen mukaan Egyptissä 97 prosenttia 15 - 49-vuotiaista naisista on ympärileikattu. Ympärileikkaus nähdään egyptiläisessä kulttuurissa tärkeänä siirtymäriittinä nuorten tyttöjen elämässä ja sen uskotaan suojelevan naisten siveyttä.
Naisten ympärileikkauksia suoritetaan sekä islamilaisille että kristityille tytöille erityisesti Egyptissä ja Sudanissa. Ympärileikkaukset ovat yleisiä myös Eritreassa, Etiopiassa ja Somaliassa.