Ojala var tvåa i tävlingen på tiden 3.48.25. OS-gränsen är tre timmar och 50 minuter.
– Under de två sista kilometerna fick jag bortsköljt de två senaste årens smärtor, säger Ojala i en intervju till friidrottsförbundets webbplats.
Ojala hänvisar till de rygg- och höftproblem som har stört jakten på en OS-plats. Han var tvungen att avbryta tävlingen i Dudince i mars på kramp i korsryggen.
– Ett stort tack till fysioterapeuten Antti Hemming och tränaren Veli-Matti Ranta. Det har sett till att jag har fått ryggen och höftena i skick, säger Ojala.
Spanjoren Marc Tur vann tävlingen på tiden 3.47.40.
OS-gången i Sapporo
Tävlingen i Poděbrady var Ojalas första lopp som han fullföljde sedan hösten 2019. Han satte sitt personliga rekord 3.46.25 för fem år sen.
Största stortävlingsmeriten kom i VM i Peking 2015 då han kom i mål som 18:e man. I OS i Rio avbröt han, liksom i VM-tävlingarna 2017 och 2019.
Herrarnas 50 kilometer gång arrangeras i Sapporo under sommarens olympiska spel.
Finländsk OS-miss i rodd
Eeva Karppinen misslyckades däremot att vika sig en plats i OS-rodden. Karppinen placerade sig på femte plats i OS-kvalet i schweiziska Luzern. Endast de två bästa kvalificerade sig för spelen i Tokyo.
Eeva Karppinens pappa Pertti tog tre OS-guld i rodd i svit från 1976 till 1984.