Ungefär 90 procent av rösterna har hittills räknats och enligt Perus valorgan har Fujimori 50,27 procent av rösterna och Castillo 49,7 procent.
Opinionsmätningar har innan valet förutspått att det kommer att bli en otroligt jämn kamp, men att Castillo kommer att vinna.
Eftersom kampen är så pass jämn kan det dröja flera dagar innan man har fastställt ett slutligt resultat.
Presidentvalet är ett av landets mest polariserade val i modern tid och båda kandidaterna har manat sina anhängare till lugn under rösträkningen.
Peru har haft fyra presidenter under de senaste tre åren. I november hade landet tre olika ledare på mindre än en vecka.
Sju av landets tio senaste ledare har antingen dömts för eller utreds för korruption.
Källor: AFP, BBC