Valet blev också historiskt eftersom det tjeckiska kommunistpartiet inte klarade röstspärren. Det är första gången som kommunistdiktaturens arvtagare inte har en enda parlamentsledamot.
Socialdemokraterna som ingick i Babiš minoritetsregering föll också ur parlamentet. Det betyder att det inte finns några vänster- eller mitten-vänsterpartier representerade i underhuset.
Slutet på postkommunismen?
I och med att kommunisterna fallit ur parlamentet och premiärminister Babiš populistiska parti ANO ser ut att förlora makten ser en del analytiker resultatet som ett tecken på att Tjeckien nu lämnat den postkommunistiska perioden bakom sig och rör sig mot en centraleuropeisk politisk kultur.
Om den slutsatsen håller återstår att se. Babiš har inte erkänt sig besegrad och president Zeman, som är en postkommunistisk ledare om någon, kommer att göra sitt bästa för att tillsätta en regering som passar honom och hans egna ambitioner.
Vem ska utse regeringsbildare
Situationen kompliceras av att president Zeman är svårt sjuk. Det är osäkert om han kommer att återhämta sig tillräckligt för att kunna leda regeringsbildningen.
Om presidenten är oförmögen att leda regeringsförhandlingarna tar talmannen från parlamentets överhus senaten eller det nyvalda underhuset över.
Senatens talman kommer från Spolu-blockets största parti ODS, och det kommer underhusets blivande talman sannolikt också att göra.
Zeman stöder Babiš
Men Zeman kommer knappast att lämna ifrån sig makten frivilligt. Presidenten är en envis maktpolitiker och har tidigare visat att han är villig att gå emot parlamentets vilja under regeringsbildningar.
Zeman, som är nära allierad med Babiš, meddelade kort inför valet att han kommer att utse ledaren för det största partiet – inte den största valalliansen – till regeringsbildare. Inför valet stämplade Zeman oppositionens valallianser som fusk.
Trots valförlusten är Babiš parti ANO det största enskilda partiet. Det finns inte heller någon klar tidsgräns för hur lång tid den första regeringsbildaren ska få. Därför kan Zeman i princip försöka dra ut på regeringsbildandet och låta Babiš gamla regering sitta kvar under övergångsperioden.
Ökad presidentmakt
Zemans mandatperiod löper ut i mars 2023 och en del analytiker har spekulerat att han kommer att försöka hålla Babiš vid makten fram till det oavsett hur maktförhållandet i parlamentet ser ut.
Babiš skulle då vara helt beroende av presidenten och Zeman skulle få stort inflytande över regeringens politik. Presidenten har länge strävat efter beslutsfattarmakt, speciellt inom utrikespolitiken.
Det här arrangemanget ser allt mer osannolikt ut på grund av Zemans svaga hälsa.
Oppositionen skulle knappast heller godkänna ett sådant arrangemang. Spolu har redan meddelat att de kommer att föra frågan till Tjeckiens konstitutionsdomstol om Zeman försöker spela ut parlamentets majoritet.
Vi kan räkna
Inom Babiš parti ANO verkar många också förbereda sig på ett liv i oppositionen. Den inflytelserika parlamentsledamoten Jaroslav Faltynek sade på tisdagen att hans parti inte kommer att försöka blockera ett maktskifte.
– Vi kan räkna till 108. Så vi utgår ifrån att vi kommer att sluta i opposition, sa han.
I praktiken är Babiš enda möjlighet på längre sikt att splittra oppositionsblocket Spolu och bilda en regering med ODS. Men ODS har hittills entydigt sagt nej. Ett regeringssamarbete med Babiš skulle också sannolikt vara ett politiskt självmord för partiet – som profilerat sig genom att lova att avsätta den populistiska premiärministern.
Men oppositionen är splittrad i många frågor och det är inte säkert att de kommer att kunna enas om ett fungerande regeringsprogram. Och det kan eventuellt ge Babiš en chans att sitta kvar.
Mer EU-vänligt Tjeckien
Det mesta tyder på att Tjeckien kommer att få en ny mitten-högerregering bestående av fem partier med ODS ledare Petr Fiala som premiärminister.
Det skulle betyda förändringar i Tjeckiens relationer till EU och resten av världen.
Babiš har inte varit speciellt intresserad av utrikespolitik, i den sittande regeringen är det socialdemokraterna som har utrikesministerposten. Men den tyngsta spelaren har varit president Zeman, som också är socialdemokrat.
Zemans stora politiska projekt har varit att hålla ett avstånd till Bryssel och samtidigt öppna för speciellt Kina och i viss mån Ryssland. Zeman har utlovat att Tjeckien ska bli Europas port mot Kina och att det kommer att medföra väldiga ekonomiska fördelar.
Projektet har aldrig varit Tjeckiens officiella utrikespolitik, men Zeman har fått driva sin Kina- och Rysslandspolitik utan större inblandning från regeringen.
En ny regering skulle med betyda slutet på det tillståndet.
Mer avstånd till Ungern och Polen
Valresultatet kan också medföra ett skifte inom den så kallade Visegradgruppen – det vill säga Polen, Ungern, Tjeckien och Slovakien.
Visegradgruppen är ett samarbetsorgan för militära, kulturella, ekonomiska och energifrågor. Länderna strävar också efter att samarbeta för ökat inflytande inom EU.
Under senare år har samarbetet dominerats av Viktor Orbáns politiska agenda. Men den nya tjeckiska regeringen är inte del av det populistiska blocket och Orbáns öppna stöd till Babiš under valkampanjen ökar knappast oppositionens välvilja mot den ungerska premiärministern.
I stället kan gruppen tydligare delas upp i två tvåstatsblock, där Tjeckien och Slovakien bildar en mer EU-positiv duo.
Det här betyder inte att Tjeckien skulle ställa sig i spetsen för EU:s klimatpolitik eller ändra sin inställning till en gemensam migrationspolitik för unionen.
Men Prag kommer inte heller att vilja binda sitt inflytande i Bryssel till de frågor som Polen och Ungern vill driva. Utom då de sammanfaller med Tjeckiens intresse – tjeckerna har alltid varit pragmatiker och de kommer inte att ändras.