Problemet löstes kring klockan 12.30 på måndag eftermiddag.
Enligt S-kedjan fungerar nu både Visa- och Mastercard-kort normalt i alla butiker.
Problem hos tjänsteleverantören
Felet började kring klockan åtta på måndagsmorgonen och berodde på problem hos kortbetalningens tjänsteleverantör.
Både S-kedjans butiker och Lidl rapporterade om problem i kortbetalningssystemen. Kontanter, S-gruppens betalkort och Mobile Pay-betalningar fungerade normalt hela morgonen.