Recep Tayyip Erdoğan säger att Turkiet följt med Abu Hussein al-Qurashi en lång tid och att man på lördagen lyckades döda honom i en operation i Syrien.
– Den misstänkte ledaren för Deaesh (IS) har blivit neutraliserad av turkiska säkerhetstjänsten MIT. Vi fortsätter vår kamp mot terrororganisationer, säger Erdoğan.
Erdoğan talar om misstänkte ledare eftersom det är svårt att verifiera uppgifter om ledare och framstående personer inom terrornätverket.
IS har hittills inte kommenterat händelserna.
Enligt säkerhetskällor i Syrien ska räden ha utförts i staden Jandaris i norra Syrien, alldeles nära gränsen till Turkiet. Staden kontrolleras av turkisktstödda rebellgrupper.
Ledare endast i sex månader
IS valde Abu Hussein al-Qurashi till sin ledare så sent som i november i fjol efter att den tidigare ledaren, Abu Hassan al-Hashimi al-Qurashi, dödades i en operation i södra Syrien.
IS grundare och ursprungliga ledare Abu Bakr al-Baghdadi dödades av amerikanska styrkor hösten 2019.
Detaljerna om lördagens operation är knappa.
Invånare i Jandaris uppger att de hört strider under natten mellan lördag och söndag. Striderna uppges ha varat i en timme varefter en stor explosion hördes.
Invånare vittnar om en stor mängd säkerhetsstyrkor på plats.