Alla passagerare och personalen ska ha evakuerats från passagerarplanet, men endast en person lyckades ta sig ut ur kustbevakningens flygplan.
Enligt kustbevakningen fanns det sex personer ombord på planet. En person, enligt flera nyhetsmedier flygkaptenen, lyckades evakuera. De övriga fem ska ha dött.
Enligt kustbevakningen var deras flygplan på väg att leverera bistånd till den jordbävningsdrabbade Noto-halvön.
Videomaterial på sociala medier visar lågor som sprider sig ut ur passagerarflygplanets fönster.
Passagerarplanet, en Airbus A350, tillhör Japan Airlines och står på en landningsbana på Hanedas flygplats.
Enligt en talesman för flygbolaget befann sig 379 personer ombord på passagerarplanet vid tidpunkten för olyckan.
Haneda har stängt alla landningsbanor efter incidenten, säger talesmannen.
Källor: NHK, AFP, Reuters