Enligt SVT, som hänvisar till en tysk tidning, är de båda männen från Afghanistan.
De greps i den tyska staden Gera på tisdag morgon och uppges ha planerat ett terrordåd mot riksdagen i Sverige.
Tysklands riksåklagare skriver i ett pressmeddelande att de två männen hade vidtagit konkreta förberedelser för detta. Männen hade kopplingar till terrororganistaionen Islamiska Staten som de också hade samlat in pengar till.
De misstänkta sägs ha haft islamistiska motiv. Bakgrunden ska ha varit koranbränningarna i Sverige.
Källor: Aftonbladet, SVT, AFP, Reuters