De Grönas och Vänsterpartiets ungdomsförbund kräver att försvarsminister Antti Häkkänen (Saml) avgår.
Kritiken handlar om att Finland fortsatt samarbeta med folkmordsanklagade Israel.
Ungdomsförbunden har skrivit under ett utlåtande tillsammans med flera organisationer, som Fredskämparna i Finland, Finlands Palestinanätverk och aktivistgruppen Sumud. Också nätverket Naheli, som representerar judar för Palestina, har skrivit under.
Kritiserad försvarskonferens
Undertecknarna kritiserar speciellt att Försvarsministeriet deltagit på en försvarskonferens med Israel i Helsingfors i maj.
På konferensen deltog 30 företag från krigsindustrin från båda länderna. Försvarsministeriets avdelningschef för resurspolitiska avdelningen, Olli Ruutu, höll också ett tal.
Israels försvarsministerium säger att de organiserat konferensen tillsammans med finska staten. Men Försvarsministeriet säger att de endast var med som deltagare.
Organisationerna och ungdomsförbunden kritiserar Försvarsministeriet för dålig öppenhet kring konferensen. De säger att regeringen försökt dölja samarbetet för allmänheten.
Helsingin Sanomat har tidigare rapporterat om att det varit svårt att få Antti Häkkänen att svara på frågor om konferensen.
Finland har inte kallat Israels krig i Gaza för folkmord, men en oberoende internationell utredningskommission har fastställt att det som pågår är ett folkmord.
Kan inte stå för mänskliga rättigheter
Vänsterungas ordförande Heta Uhtio säger att regeringen har övergett sitt försvar av moral och mänskliga rättigheter.
”Finlands regering visar gång på gång med sina handlingar att den godkänner folkmordet på palestinier. Regeringen har valt en skamlig väg som Israels partner”, säger hon i ett pressmeddelande.
De Gröna Ungas ordförande Maria Saita säger att Finland inte kan försvara mänskliga rättigheter samtidigt som vi fördjupar samarbetet med Israel.
”Vi möjliggör samtidigt att folkmordet kan fortsätta när vi blundar för det. Det här är inte ett neutralt samarbete, utan ett politiskt och moraliskt val”, säger hon.